Cryo-EM workhop안내: Cryo-EM Processing workshop using Scipion

2025년 11월 3-6일 동안 KAIST에서 아래와 같이 cryo-EM processing workshop을 진행합니다. 

관심있으신 회원분들께서는 아래 전달되는 내용과 첨부된 poster, flyer를 확인해 주시기 바랍니다.

감사합니다. 

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Title: Cryo-EM workhop안내: Cryo-EM Processing workshop using Scipion

안녕하세요. 

11/3-6일간 multiplatform package인 Scipion 을 이용한 cryo-EM processing workshop을 진행합니다.

아래 link를 이용하여 workshop지원 부탁드립니다. 

https://www.song-kaist.org/general-clean

감사합니다. 

송지준 드림

Scipion: Cryo-EM Processing Software Package 소개

https://scipion.i2pc.es/

Scipion은 Cryo-EM 데이터 분석을 위한 통합 소프트웨어 플랫폼으로, 단일입자분석(Single Particle Analysis, SPA)과 전자현미경 데이터 처리의 전 과정을 아우르는 오픈소스 환경을 제공합니다. 연구자는 다양한 외부 패키지와 워크플로우를 한 인터페이스에서 실행할 수 있어, 데이터 정리부터 3D 재구성, 모델 검증까지 일관된 환경에서 진행할 수 있습니다.

Scipion의 가장 큰 특징은 단순히 하나의 소프트웨어가 아니라, 여러 Cryo-EM 툴을 연결해주는 “허브(hub)”라는 점입니다. RELION, cryoSPARC, Xmipp, EMAN2, cisTEM 등 서로 다른 툴에서 제공하는 알고리즘을 통합해 한 워크플로우 안에서 병행/비교할 수 있습니다.

Scipion의 주요 강점 (Highlights)

1. All-in-One Workflow Integration
   • 다양한 Cryo-EM 패키지를 하나의 환경에서 실행 가능
   • 외부 툴을 설치·호출하지 않고도 Scipion GUI에서 워크플로우 설계
2. Reproducibility & Transparency
   • 모든 분석 단계가 workflow 기록으로 남아 재현성 확보
   • 연구자 간 프로젝트 공유 및 협업에 유리
3. Flexible & Modular Design
   • 연구자가 원하는 알고리즘을 조합해 맞춤형 파이프라인 구축
   • 각 단계별로 결과 비교 및 파라미터 최적화 용이
4. User-Friendly GUI
   • 코딩 경험이 없어도 시각적 인터페이스로 데이터 처리 가능
   • 직관적 모듈 연결 시스템으로 학습 곡선 완화
5. Validation Tools
   • Local resolution, FSC, map vs. model 검증 등 내장
   • publication-quality 결과 검증에 최적화
6. Extensibility & Community Support
   • 오픈소스 기반, 전 세계 Cryo-EM 연구자 커뮤니티의 적극적 기여
   • 새로운 알고리즘 및 기능이 빠르게 통합됨